Дослідники нанесли на карту та опублікували геноми 51 виду тварин, від рибоїдних крокодилів, відомих як гавіали (Gavialisgangeticus), до лютих хмарних леопардів (Neofelis nebulosa). Згідно зі статтею, опублікованою в журналі Nature Biotechnology, ці генетичні схеми можуть мати широкі наслідки для людей, особливо для розуміння нашої еволюційної історії.
“У якомусь сенсі ми будуємо еволюційну машину часу”, – заявив співавтор дослідження професор Майкл Шац з Університету Джонса Хопкінса. “Нанесення на карту генів наших еволюційних побратимів допоможе нам краще зрозуміти самих себе”.
У всіх ссавців спільний предок, яким, на думку багатьох учених, був морганукодон, крихітна, схожа на землерийку істота, яка жила понад 200 мільйонів років тому — хоча дехто говорить інакше. У кожному разі цей загальний предок означає, що більшість нашої генетичної структури нагадує таку в інших ссавців, особливо шимпанзе, які мають до 99% загальної ДНК. Порівнюючи ДНК людей та інших тварин, дослідники зможуть дізнатися, коли та як люди відокремилися від інших видів.
Але геном одного хребетного може складатися з мільярдів символів і дослідникам доводиться використовувати різні інструменти, щоб розбити цей генетичний матеріал на фрагменти, перш ніж скласти повну картину. В результаті картування геномів історично було кропітким процесом: починаючи з 1990 дослідникам знадобилося 13 років, щоб створити першу генетичну програму для людини.
Однак за останні кілька десятиліть технологія картування ДНК різних видів швидко просунулася вперед, і цей новий проект знаменує собою ще один крок, скорочуючи час секвенування з років та місяців до кількох днів.
Для цього команда використала дослідження двох проектів: проекту «Геноми хребетних» та Європейського еталонного атласу геному. На основі них вони розробили алгоритми та комп’ютерне програмне забезпечення для об’єднання коротких генетичних сегментів у повну генетичну карту і зрештою перевірили, наскільки добре їхній робочий процес відтворює повний геном зебри (Taeniopygia Guttata), який був опублікований раніше.
Команда виявила, що їхня нова технологія ефективніша, ніж існуючі підходи до складання сегментів геному та створення точної карти.
У своїй роботі дослідники зосередилися тільки на хребетних тваринах, а інші види тварин, рослин або грибів можуть мати «щось особливе або унікальне у своєму геномі», а це означає, що деякі процеси, що знаходяться в цьому конвеєрі, не працюватимуть як у цьому виді.
Але, згідно зі статтею, це можна виправити, «змінивши кілька параметрів» у їхній методиці. Мета дослідників — секвенувати геноми хоча б одного виду із усіх 275 загонів хребетних.
